Constituée en 1987 sous la forme d'une association de droit privé, La Fontanelle fait partie des institutions adhérant à la Convention intercantonale romande. Elle reçoit des mineurs de toute la Suisse romande.
Reconnue d'utilité publique par l'Office Fédéral de Justice et Police et par le canton du Valais, elle entretien une étroite collaboration avec la Fondation Suisse Bellevue.